 | Programme d’études 2018-2019 | English | |
 | Bioinformatique | ||
Unité d’enseignement du programme de Master en sciences biologiques à la Faculté des Sciences |
| Code | Type | Responsable | Coordonnées du service | Enseignant(s) |
|---|---|---|---|---|
| US-M1-BIOL60-003-M | UE Obligatoire | DELGRANGE Olivier | S829 - Informatique théorique |
|
| Langue d’enseignement | Langue d’évaluation | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Crédits | Pondération | Période d’enseignement |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Français | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2.00 | 1er quadrimestre |
| Code(s) d’AA | Activité(s) d’apprentissage (AA) | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Période d’enseignement | Pondération |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| S-BIOG-143 | Bioinformatique | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 | Q1 | 100.00% |
| Unité d'enseignement |
|---|
Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme
- Compétence 4 : Maîtriser les techniques de communication
- -Pouvoir communiquer de façon claire, structurée et argumentée, tant à l'oral qu'à l'écrit, ses conclusions, ses propositions originales ainsi que les connaissances et principes sous-jacents, le cas échéant en anglais
- Compétence 5 : Développer et intégrer un fort degré d'autonomie
- -Poursuivre sa formation et développer de nouvelles compétences de façon autonome
Acquis d'apprentissage UE
A l'issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure de comprendre les mécanismes simples de résolutions informatiques de problèmes (algorithmes). Ils seront capables de développer des algorithmes simples sur des données issues de la biologie moléculaire (les séquences génétiques). Les étudiants seront en mesure d'expliquer les méthodes d'alignement de séquences et la problématique du séquencage de génomes. Ils pourront évaluer la complexité d'algorithmes simples et expliquer le fait des problèmes aient une complexité intrinsèque qui les rend insolubles en pratiques (NP-complétude).
Ils seront en mesure d'écrire de petits scripts système pour automatiser des tâches de bioinformatique.
Contenu de l'UE
Algorithmique; bioinformatique; banques de séquences; pseudo-langage; variables; complexité d'algorithmes et complexité de problèmes; efficacité; dot-plot; alignements de séquences; matrices de substitution; NP-complétude; assemblage de fragments d'ADN
Compétences préalables
Notions de biochimie et de biologie moléculaire; manipulation d'un ordinateur personnel et d'Internet
Types d'évaluations Q1 pour l'UE
- Néant
Commentaire sur les évaluations Q1 de l'UE
Sans objet
Types d'évaluation Q3 pour l'UE
- Examen oral
Commentaire sur les évaluations Q3 de l'UE
Examen oral charge d'évaluer la maitrise des concepts (100%)
Types d'évaluation rattrapage BAB1 (Q1) pour l'UE
- Néant
Commentaire sur les évaluations rattr. Q1 de l'UE
Sans objet
Types d'activités
| AA | Types d'activités |
|---|---|
| S-BIOG-143 |
|
Mode d'enseignement
| AA | Mode d'enseignement |
|---|---|
| S-BIOG-143 |
|
Supports principaux
| AA | Supports principaux |
|---|---|
| S-BIOG-143 | Copie de présentation - Bioinformatique (Introduction à l'algorithmique) - Olivier Delgrange |
Supports principaux non reproductibles
| AA | Supports principaux non reproductibles |
|---|---|
| S-BIOG-143 | Sans objet |
Supports complémentaires
| AA | Supports complémentaires |
|---|---|
| S-BIOG-143 |
Supports complémentaires non reproductibles
| AA | Support complémentaires non reproductibles |
|---|---|
| S-BIOG-143 | Sans objet |
Autres références conseillées
| AA | Autres références conseillées |
|---|---|
| S-BIOG-143 | - Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner, An Introduction to BioInformatics Algorithms, MIT Press, 2004 |
Reports des notes d'AA d'une année à l'autre
| AA | Reports des notes d'AA d'une année à l'autre |
|---|---|
| S-BIOG-143 | Autorisé |