Programme d’études 2018-2019 | English | ||
Algorithmique et bioinformatique | |||
Unité d’enseignement du programme de Master en sciences mathématiques à la Faculté des Sciences |
Code | Type | Responsable | Coordonnées du service | Enseignant(s) |
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US-M1-SCMATH-012-M | UE optionnelle | DELGRANGE Olivier | S829 - Informatique théorique |
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Langue d’enseignement | Langue d’évaluation | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Crédits | Pondération | Période d’enseignement |
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| Français | 15 | 0 | 30 | 0 | 0 | 6 | 6.00 | 1er quadrimestre |
Code(s) d’AA | Activité(s) d’apprentissage (AA) | HT(*) | HTPE(*) | HTPS(*) | HR(*) | HD(*) | Période d’enseignement | Pondération |
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S-INFO-022 | Algorithmique et bioinformatique | 15 | 0 | 30 | 0 | 0 | Q1 | 100.00% |
Unité d'enseignement |
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Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme
Acquis d'apprentissage UE
A l'issue de cet enseignement, les étudiants seront en mesure de d'expliquer les besoins de développement d'algorithmes et de structures de données performants dans le contexte de données très volumineuses telles que les séquences génétiques. Les étudiants seront en mesure d'expliquer les algorithmes classiques de bioinformatique et de string-matching. Ils seront capables de mettre en &oeuvre des algorithmes de manipulation efficaces de séquences génétiques.
Contenu de l'UE
Algorithmique; complexité d'algorithmes; chaînes de caractères; string-matching; alignements de séquences génétiques; arbres des suffixes; séquençage d'ADN et assemblage de fragments
Compétences préalables
algorithmique; complexité d'algorithmes; programmation dans un langage impératif ou objet
Types d'évaluations Q1 pour l'UE
Commentaire sur les évaluations Q1 de l'UE
Examen oral sur la partie théorique (50%) et présentation du projet développé en groupe pour la partie pratique (50%)
Types d'évaluation Q3 pour l'UE
Commentaire sur les évaluations Q3 de l'UE
Calcul de la NOTE (/20) : Examen oral sur la partie théorique, la note NT est /20. Présentation et rapport écrit du projet (amélioré) développé en groupe pour la partie pratique, la note NP est /20. Si NT>=8/20 et NP>=8/20, alors NOTE=(NP+NT)/2
Sinon NOTE=min(NP,NT)
Types d'évaluation rattrapage BAB1 (Q1) pour l'UE
Commentaire sur les évaluations rattr. Q1 de l'UE
Sans objet
Types d'activités
AA | Types d'activités |
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S-INFO-022 |
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Mode d'enseignement
AA | Mode d'enseignement |
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S-INFO-022 |
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Supports principaux
AA | Supports principaux |
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S-INFO-022 | Note de cours - Algorithmique et Bioinformatigue : String Matching - Olivier Delgrange |
Supports principaux non reproductibles
AA | Supports principaux non reproductibles |
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S-INFO-022 | Sans objet |
Supports complémentaires
AA | Supports complémentaires |
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S-INFO-022 | Copie de présentation - Recherche de motifs et ressemblances entre séquences : algorithmes et structures de données - Olivier Delgrange |
Supports complémentaires non reproductibles
AA | Support complémentaires non reproductibles |
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S-INFO-022 | Sans objet |
Autres références conseillées
AA | Autres références conseillées |
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S-INFO-022 | - Introduction to Computational Molecular Biology J. Setubal, J. Meidanis PWS Publishing Company, 1997 - Algorithmic Aspects of Bioinformatics HJ Böckenhauer - D. Bongartz Springer, 2007 |
Reports des notes d'AA d'une année à l'autre
AA | Reports des notes d'AA d'une année à l'autre |
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S-INFO-022 | Autorisé |