Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme

• Compétences scientifiques
• Mettre en oeuvre et réaliser en autonomie une démarche expérimentale, valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux, apprécier les limites de validité du modèle, identifier les sources d'erreur.
• En réponse aux situations, et conscient des limites méthodologiques:- Utiliser des techniques courantes de biochimie, de biologie moléculaire, de biologie cellulaire, d'études des tissus et organes (savoir relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques)- Utiliser un dispositif expérimental dans un modèle biologique, connaître et utiliser les concepts et techniques de la physiologie animale
• Utiliser des logiciels d'acquisition et d'analyse de données propres aux sciences biomédicales
• S'approprier les outils d'étude en sciences biomédicales y compris les outils bio-informatiques
• Utiliser les principaux instruments de mesure et identifier les sources d'erreurs
• Choisir adéquatement l'instrument de mesure, analyser et traiter le signal obtenu
• Utiliser les outils mathématiques de base
• Maîtriser les outils statistiques pour les sciences du vivant
• Être un chercheur responsable: - Savoir baser son raisonnement sur les données de la littérature scientifique- Savoir intégrer une dimension éthique dans son raisonnement- Faire preuve de loyauté (aux faits, à l'équipe, à la propriété intellectuelle,...)- Ne pas falsifier les résultats- Ne pas exploiter le travail d'autrui- Faire preuve de rigueur expérimentale
• Compétences scientifiques
• Mettre en oeuvre et réaliser en autonomie une démarche expérimentale, valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux, apprécier les limites de validité du modèle, identifier les sources d'erreur.
• En réponse aux situations, et conscient des limites méthodologiques:- Utiliser des techniques courantes de biochimie, de biologie moléculaire, de biologie cellulaire, d'études des tissus et organes (savoir relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques)- Utiliser un dispositif expérimental dans un modèle biologique, connaître et utiliser les concepts et techniques de la physiologie animale
• Utiliser des logiciels d'acquisition et d'analyse de données propres aux sciences biomédicales
• S'approprier les outils d'étude en sciences biomédicales y compris les outils bio-informatiques
• Utiliser les principaux instruments de mesure et identifier les sources d'erreurs
• Choisir adéquatement l'instrument de mesure, analyser et traiter le signal obtenu
• Utiliser les outils mathématiques de base
• Maîtriser les outils statistiques pour les sciences du vivant
• Être un chercheur responsable: - Savoir baser son raisonnement sur les données de la littérature scientifique- Savoir intégrer une dimension éthique dans son raisonnement- Faire preuve de loyauté (aux faits, à l'équipe, à la propriété intellectuelle,...)- Ne pas falsifier les résultats- Ne pas exploiter le travail d'autrui- Faire preuve de rigueur expérimentale

Acquis d'apprentissage UE

A partir d'un article scientifique commun, l'objectif est de montrer aux étudiants l'intégration des données issues des méthodes d'analyse utilisées en génomique, transcriptomique, protéomique, et métabonomique.  A l'issue de ce cours, les étudiants seront capables de :

- comprendre l'importance d'intégrer les données de plusieurs sciences "omiques" dans l'étude d'un mécanisme biologique complexe
- intégrer et interpréter des données de type 'omique"
- décrire les concepts et méthodes utilisées lors de l'acquisition des données 'omiques'

Contenu de l'UE

1. Partie Métabonomique (Prof. Jean-Marie Colet):

- étapes d'une étude métabonomique
- analyse de biofluides par Résonance Magnétique Nucléaire du proton
- analyse multivariée des spectres

2. Partie Protéomique : (Prof. Rudy Wattiez)

- rappel sur la spectrométrie de masse
- étapes d'une étude protéomique

3. Partie Génomique/Transcriptomique : (Dr Frédérique Coppée)
 
- séquençage à haut débit : NGS et RNA-seq, projet ENCODE et génome humain, epi-génome
- étapes d'une étude transcriptomique
- exemples de format/interfaces web d'analyses classiques de séquences incluant les représentations en ‘heatmap', réseaux ou voies de signalisation (étude de régulation des gènes, signatures biologiques)
 

Compétences préalables

Connaissances de base de la biologie cellulaire et moléculaire
Connaissances de base dans le sméthodes spectroscopiques
Connaissances de base en statistiques

Types d'évaluations Q1 pour l'UE

• Présentation et/ou travaux
• Examen oral
• Epreuve pratique
• Exercice(s) coté(s)

Commentaire sur les évaluations Q1 de l'UE

présentation d'article scientifique

Types d'évaluations Q2 pour l'UE

• Présentation et/ou travaux
• Examen oral
• Epreuves pratiques
• Exercice(s) coté(s)

Commentaire sur les évaluations Q2 de l'UE

Présentation d'article scientifique
Note globale au prorata des heures de cours, chaque AA doit être réussie.

Types d'évaluation Q3 pour l'UE

• Présentation et/ou travaux
• Examen oral
• Epreuves pratiques
• Exercice(s) coté(s)

Commentaire sur les évaluations Q3 de l'UE

Présentation d'article scientifique
Note globale au prorata des heures de cours, chaque AA doit être réussie.

Types d'évaluation rattrapage BAB1 (Q1) pour l'UE

• Néant

Commentaire sur les évaluations rattr. Q1 de l'UE

Sans objet