Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme

• Etre capable de mener des travaux de recherche et de développement d'envergure en lien avec les sciences biologiques, en biologie des organismes et en écologie
• -Etre capable d'appliquer, de mobiliser, d'articuler et de valoriser les connaissances et les compétences acquises en vue de contribuer à la conduite et à la réalisation d'un projet
• -Etre capable de contribuer à un projet en maîtrisant sa complexité et en tenant compte des objectifs, des ressources allouées et des contraintes qui le caractérisent
• -Faire preuve d'initiative et être capable de travailler seul et en équipe
• Gérer et mener un travail de recherche, de développement ou d'innovation
• -Etre capable d'appréhender une problématique inédite relevant des sciences biologiques en biologie des organismes et en écologie et de ses applications
• -Rechercher de façon méthodique des informations scientifiquement valides, mener une analyse critique, proposer et argumenter des solutions éventuellement innovantes à des problématiques ciblées
• Maîtriser les techniques de communication
• -Pouvoir communiquer de façon claire, structurée et argumentée, tant à l'oral qu'à l'écrit, ses conclusions, ses propositions originales ainsi que les connaissances et principes sous-jacents
• Développer et intégrer un fort degré d'autonomie
• -Etre capable d'acquérir seul de nouveaux savoirs
• -Poursuivre sa formation et développer de nouvelles compétences de façon autonome
• -Développer et intégrer un fort degré d'autonomie pour pouvoir évoluer dans de nouveaux contextes
• Appliquer une méthodologie scientifique
• -Avoir la capacité de mener une réflexion critique sur l'impact de leur discipline en général et, en particulier, lors de la contribution à des projets

Acquis d'apprentissage de l'UE

Le cours vise à initier les étudiants à la bioinformatique afin qu'ils puissent comprendre les notions de bases du domaine ainsi que les différentes méthodes abordées dans les publications scientifiques. En parallèle, les sessions pratiques permettront d'envisager concrètement des analyses bioinformatiques liées aux recherches et annotations de séquences, à l'expression différentielle à partir de données transcriptomiques ou à la visualisation de données génomiques sur un GenomeBrowser.

Contenu de l'UE : descriptif et cohérence pédagogique

Cours théoriques (50%)
- Introduction générale : Réalité mathématique VS réalité biologique
- Séquences biologiques, Bases de données...
- Alignements de séquences
- Comment "interroger" les banques de données publiques
- Méthodes de séquençages de nouvelle(s) génération(s) (NGS)
- Transcriptome & Génome
- Applications pratiques & Questionnements du biologiste

Sessions pratiques & exercices (50%, sessions pratiques en salle informatique)
- Recherche de séquences, notion d'homologie de séquences, annotations fonctionnelles (Outils en ligne: NCBI, Expasy, plateforme Galaxy,...)
- Analyse de l'expression différentielle à partir de données RNA-Seq & Visualisation des données d'expression (Outils en ligne: plateforme Galaxy, Degust, MetaboAnalyst)
- Visualisation de données génomiques à l'aide d'un Genome Browser (IGV, serveurs en ligne)

Compétences préalables

Notions de biochimie et de biologie moléculaire; manipulation d'un ordinateur personnel et d'Internet.