Objectifs par rapport aux acquis d'apprentissage du programme

• Avoir acquis, dans le domaine des sciences biologiques, et particulièrement dans le domaine de la biochimie, biologie moléculaire et cellulaire, des connaissances hautement spécialisées et intégrées ainsi que de larges compétences, prolongeant celles qui relèvent du niveau de bachelier en sciences biologiques
• Etre capable de mener des travaux de recherche et de développement d'envergure en lien avec les sciences biologiques, en biochimie, biologie moléculaire et cellulaire;
• -Etre capable de contribuer à un projet en maîtrisant sa complexité et en tenant compte des objectifs, des ressources allouées et des contraintes qui le caractérisent
• -Faire preuve d'initiative et être capable de travailler seul et en équipe
• Gérer et mener un travail de recherche, de développement ou d'innovation
• -Etre capable d'appréhender une problématique inédite relevant des sciences biologiques en biochimie, biologie moléculaire et cellulaire et de ses applications
• -Pouvoir organiser et mener à son terme un travail de recherche, de développement ou d'innovation
• -Rechercher de façon méthodique des informations scientifiquement valides, mener une analyse critique, proposer et argumenter des solutions éventuellement innovantes à des problématiques ciblées
• Maîtriser les techniques de communication
• -Pouvoir communiquer de façon claire, structurée et argumentée, tant à l'oral qu'à l'écrit, ses conclusions, ses propositions originales ainsi que les connaissances et principes sous-jacents
• -Maîtriser les techniques de communications scientifiques écrites et orales tant en français qu'en anglais
• Développer et intégrer un fort degré d'autonomie
• -Etre capable d'acquérir seul de nouveaux savoirs
• Appliquer une méthodologie scientifique
• -Avoir la capacité de mener une réflexion critique sur l'impact de leur discipline en général et, en particulier, lors de la contribution à des projets

Acquis d'apprentissage de l'UE

A l'issue de cet enseignement, les étudiants maîtriseront les notions essentielles de la microbiologie environnementale, c'est-à-dire l'échantillonnage de terrain, la prise de paramètres environnementaux (pH, salinité, oxygène, conductivité, matière en suspension, chlorophylle), les comptages viables sur plaque (dont la détection de E. coli et coliformes par la méthode chromocult agar (CCA), les comptages totaux (microscopie à épifluorescence), les méthodes génétiques (PCR, Q-PCR, DGGE). Les méthodes pour étudier l'eau et les sédiments seront appliquées.

Contenu de l'UE : descriptif et cohérence pédagogique

Echantillonnage de terrain (récupération de cellules et d'ADN environnemental) pour divers types de milieux : rivières (eau et sédiments), sols, centre de traitement des eaux usées, air. Les bactéries symbiotiques et les biofilms seront également considérés. Les étudiants apprendront à éliminer les contaminants des préparations d'ADN (métaux, acides humiques), à augmenter la concentration d'ADN (amplification GenomiPhi) et à quantifier l'ADN (Nanodrop et Picogreen). Les biais spécifiques aux sols seront considérés. Les étudiants apprendront à isoler des bactéries spécifiques d'un sol en employant la méthode des cultures et l'enrichissement. La PCR quantitative sera utilisée pour cibler certains gènes spécifiques dans les échantillons.

Compétences préalables

Prérequis : Microbiologie Générale Bac Bloc 3